VMware Fusion販売元のアクト・ツーとParallels Desktop販売元のプロトンからそれぞれリリースが出ています。
VMware Fusion - Windows Vista SP1 対応状況について（アクト・ツー）
Parallels Desktop の仮想マシンへ Windows Vista サービスパック 1 適用について（プロトン）
VMwareでは問題ないようですが、Parallels Desktopで仮想マシンのディスク領域にBootCampボリュームを利用している場合、Parallels DesktopからWindows Vista SP1の適用を行うと問題が発生するようです。
現状ではBootCampでWindows Vistaを起動し、SP1を適用するようにしないといけないようです。