iTunes8.0を入れてから暫くは気が付かなかったんですが、不具合起きてました。
「Apple Keyboard」(ドライバはAppleKを使用)を使っているんですが、一度USBコネクタを抜いてしまうと再度差し込んでも認識されないようになっていました(差し込む場所を替えてもダメでした)。
こちらの記事を参考に「アプリケーションのアンインストール」から「Apple Mobile Device Support」→「iTunes8」の順にアンインストールして再起動。
ダウンロードしなおしたiTunes8を再インストール。
今のとこ、これで問題は再発しないようになりました。